Ο υψιπετής Έλληνας συνθέτης, διανοούμενος και θεωρητικός του ελληνισμού έφυγε από κοντά μας, αφήνοντας πίσω ένα έργο ανεξάντλητο, που δεν έχει ακόμη πλήρως αναλυθεί.
Ο Γιάννης Μαρκόπουλος πρότεινε την «Επιστροφή στις Ρίζες», εννοώντας τον «σχεδιασμό του μέλλοντος, με ενδοσκόπηση, μελέτη και πλησίασμα των άφθαρτων πηγών της ζωντανής παράδοσης του κόσμου σε συνδυασμό με επιλεγμένες σύγχρονες πληροφορίες τέχνης». Η πρότασή του αυτή έλαβε τις διαστάσεις ενός κινήματος τέχνης που ξεπέρασε τα όρια της Ελλάδας. Οι παράμετροι αυτού του μουσικού κινήματος στήριζαν παράλληλα τις φιλοσοφικές του απόψεις που συνδυάζονταν με τις κοινωνικές προτάσεις για τη ζωή και την τέχνη.
Τα έργα που συνέθεσε περιλαμβάνουν συμφωνικά έργα με φωνές, όπερα – έργα σκηνής, μουσική για χορό, έργα για συμφωνική ορχήστρα, ορχήστρα εγχόρδων, ενόργανα σύνολα, κονσέρτα, έργα μουσικής δωματίου, έργα για πιάνο και σόλο όργανα, κύκλους τραγουδιών, σειρές τραγουδιών, τραγούδια, χορωδιακά έργα και μουσική για το θέατρο και τον κινηματογράφο.
Σε ηλικία 12 χρόνων συνθέτει μελωδίες που αργότερα έγιναν τραγούδια με πανελλήνια απήχηση: «Γκρεμισμένα σπίτια», «Πέρα από τη θάλασσα», «Μαλαματένια λόγια». Ως έφηβος διαποτίστηκε από την πολιτισμική κληρονομιά της Ελλάδος -αρχαία και σύγχρονη. Οι πρώτες του μουσικές εμπειρίες προέρχονται από την τοπική μουσική με τους γρήγορους χορούς και τα επαναλαμβανόμενα μικρά μοτίβα,από την κλασική μουσική καθώς και από τη μουσική της ευρύτερης ανατολικής Μεσογείου και ιδιαίτερα της Αιγύπτου.
Το 1956 εισέρχεται στο Ωδείο Αθηνών για θεωρητικά στην τάξη του συνθέτη Γεωργίου Σκλάβου και βιολί στην τάξη του Joseph Bustidui. Την ίδια εποχή εισάγεται στο Πάντειο πανεπιστήμιο για κοινωνικές και φιλοσοφικές σπουδές. Παράλληλα συνθέτει για το Εθνικό θέατρο και τον κινηματογράφο.
Σε ηλικία 24 χρονών βραβεύεται από το Φεστιβάλ κινηματογράφου Θεσσαλονίκης για τη μουσική του στην ταινία «Μικρές Αφροδίτες», του Νίκου Κούνδουρου. Τον ίδιο χρόνο ανεβαίνουν τα μουσικά του έργα Θησέας (χορόδραμα), Χιροσίμα (σουίτα μπαλέτου) από νέα χορευτικά σύνολα. Η επιτυχία που γνωρίζουν από νωρίς η μουσική και τα τραγούδια του οφείλεται στο φυσικό του χάρισμα να συνθέτει πρωτότυπες μελωδίες υψηλής ποιότητας και πρωτόγνωρα ρυθμικά σχήματα.
Το 1967 αναχωρεί για το Λονδίνο. Εμπλουτίζει τις μουσικές του γνώσεις με την Αγγλίδα συνθέτρια Elisabeth Lutyens, ενώ η φιλία του με τον συνθέτη Γιάννη Χρήστου και η γνωριμία του με τον Ιάννη Ξενάκη θα διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στη βαθύτερη γνωριμία του με τις πλέον πρωτοποριακές μουσικές μορφές. Στο Λονδίνο συνθέτει την κοσμική καντάτα «Ήλιος ο πρώτος» σε ποίηση Οδυσσέα Ελύτη, τη μουσική για τη Λυσιστράτη του Αριστοφάνη (για το Θέατρο Τέχνης), ολοκληρώνει το Χρονικό και τη μουσική τελετή Ιδού ο Νυμφίος, έργο ανέκδοτο με εξαίρεση ενός τμήματος, με τίτλο Ζάβαρα-κάτρα-νέμια (ιδιαίτερη σύνθεση διονυσιακού χαρακτήρα) που αποτελεί ένα από τα διάσημα κομμάτια του.
Το 1969 επιστρέφει στην Αθήνα για να συμβάλει με τα έργα του στην πορεία για την αποκατάσταση της Δημοκρατίας. Ξεκινά μουσικές παραστάσεις, συνεργαζόμενος με ποιητές και σκηνοθέτες,παρουσιάζονταςτα έργα του στο στούντιο Λήδρα με νέους τραγουδιστές και μουσικούς στους οποίους δίδαξε τον τρόπο της ερμηνείας της μουσικής και των τραγουδιών του, στην αισθητική κατεύθυνση που επιζητούσε. Μαζί με τα θεατρικά στιγμιότυπα και τον εικαστικό διάκοσμο δημιούργησε μια πολύτροπη μουσική παράσταση. Διανοούμενοι και φοιτητές γεμίζουν καθημερινά τον, παρά τα εμπόδια και τις επεμβάσεις της στρατιωτικής εξουσίας. Τα τραγούδια του μπαίνουν στο στόμα του ελληνικού λαού και συμβάλουν αποφασιστικά στο αίτημα για αποκατάσταση της Δημοκρατίας.
Με την έναρξη της δεκαετίας του ‘70, ο συνθέτης Γιάννης Μαρκόπουλος υλοποιεί το μουσικό του όραμα καταθέτοντας μουσικά έργα που αποτελούν ακρογωνιαίο λίθο του σύγχρονου νεοελληνικού πολιτισμού. Αναζητώντας φιλοσοφικά την βαθύτερη ενότητα του ανθρώπου με το φυσικό και κοινωνικό του περιβάλλον, συνθέτει μουσικά έργα που αποτελούν νέα πρόταση και τομή μέσα στο σύνολο της ελληνικής μουσικής. Πρόκειται για δημιουργίες με ενότητα της αισθητικής και της φιλοσοφικής άποψης του συνθέτη ως προς τις θεμελιακές αρχές τους με την καθεμία όμως από αυτές να είναι διαφορετικές.
Στα μουσικά έργα που έφτασαν σε κάθε σπίτι συγκαταλέγονται τα «Ήλιος ο πρώτος», «Χρονικό», «Ιθαγένεια», «Θητεία», «Ο Στράτης», «Μετανάστες», «Θεσσαλικός κύκλος». Σημαντικό ρόλο παίζουν και τα «Ριζίτικα σε διασκευή, ενορχήστρωση και αισθητική αναμόρφωση από τον Γιάννη Μαρκόπουλο, έργο με παραδοσιακά τραγούδια της Κρήτης συν δύο νέες οργανικές συνθέσεις του (βραβείο της Γαλλικής Ακαδημίας Σαρλ Κρος).Για το λιμπρέτο ο συνθέτης επέλεξε 9 τραγούδια, έτσι ώστε να αποτελέσουν ενιαία μορφή διήγησης. Ιδιαίτερα το «Πότε θα κάνει ξαστεριά» βάσει του σχεδίου του, ένωσε τις φωνές διαμαρτυρίας των φοιτητών.
Το 1976 συνθέτει τη μουσική για την τηλεοπτική σειρά του ΒΒC, «Who Pays the Ferryman» (Ποιος Πληρώνει τον Βαρκάρη) και το μουσικό θέμα φτάνει στη κορυφή των αγγλικών charts. Ο συνθέτης γίνεται διεθνώς γνωστός.
Το 1977 έρχεται η κοσμική λειτουργία «Oι Ελεύθεροι Πολιορκημένοι» με βάση το ποίημα του εθνικού μας ποιητή Διονυσίου Σολωμού που παρουσιάζεται την ίδια χρονιά ενώπιον 22.000 νέων σε στάδιο της Αθήνας υπό την διεύθυνση του συνθέτη. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος με το έργο του και τη στάση του σηματοδοτεί το εξαίσιο μουσικό τοπίο της δεκαετίας του ’70.
Η δημοτικότητα την οποία απολαμβάνει η μουσική του και στο εξωτερικό εκφράζεται με πολλές μετακλήσεις για συναυλίες. Ο συνθέτης πραγματοποιεί αλλεπάλληλα ταξίδια ανά τον κόσμο. Επισκέπτεται διαδοχικά, δίνοντας συναυλίες με τα έργα του, τις ΗΠΑ, τον Καναδά, τη Σουηδία, την Ολλανδία, την Ιταλία, τη Γαλλία, τη Γερμανία, το Βέλγιο, την Αγγλία καθώς και διάφορες πόλεις της Ρωσίας και της Αυστραλίας.
Στην καλλιτεχνική του παραγωγή συμπεριλαμβάνεται μουσική για το θέατρο και τον κινηματογράφο, σε έργα του Ευριπίδη, του Αριστοφάνη, του Μενάνδρου, του Σαίξπηρ, του Τσέχωφ, του Μπέκετ και σύγχρονων Ελλήνων, με το Εθνικό Θέατρο, το Θέατρο Τέχνης του Καρόλου Κουν, το Αμφιθέατρο του Σπύρου Ευαγγελάτου και με τους σκηνοθέτες Αλέξη Σολωμό, Πέλλο Κατσέλη, Μίνωα Βολονάκη, κ.ά. Ανάμεσα τους οι ταινίες « Vortex» και «Byron» του Κούνδουρου, «Κραυγή γυναικών» και «Πρόβα» του Jules Dassin, «Beloved» του G. Cosmatos, «Φόβος» του Κώστα Μανουσάκη, «Επιχείρηση Απόλλων» του Γ. Σκαλενάκη, «Η Μοίρα ενός αθώου» του Γρηγόρη Γρηγορίου.
Το 1983 του ανατίθεται ο σχεδιασμός του τελετουργικού της έναρξης των Πανευρωπαϊκών Αγώνων στην Αθήνα. Συνθέτει τον ύμνο «Ειρήνη» που μεταδίδεται τηλεοπτικά σε πολλές χώρες του κόσμου.
Το 1994 εκδίδεται ένα από τα πιο σημαντικά του έργα, η «Λειτουργία του Ορφέα». Παρουσιάζεται στο Palais des Beaux-Arts των Βρυξελλών αφιερωμένη στον επαναπροσδιορισμό του ανθρώπου με τη φύση, εγκαινιάζοντας μια νέα σχέση κοινού και συναυλιακής παράστασης, ενώ ταυτόχρονα παρουσιάζεται έκθεση κεραμικής, ζωγραφικής και χειροτεχνίας, υπό την αιγίδα του Βελγικού Υπουργείου πολιτισμού με τίτλο «Από το σκοτάδι στο φως» -υπότιτλο που χρησιμοποιούσε ο συνθέτης στις ζωντανές παρουσιάσεις του Ορφέα.